אגודת ניצן השתתפה בפרויקט ישראל 2000 לחברה ישראלית טובה יותר. הפרויקט כולו נערך ביוזמת איגוד הבנקים – ארגון הגג המאגד את הבנקים בישראל, קרן כהנוב – קרן פילנתרופית הפועלת בישראל ובקנדה ומשקיעה בפרויקטים חברתיים, "רשת" – זכיינית ערוץ 2 וגיתם פורטר נובלי.
המורים מקבלים לאורך השנים, שעות רבות של השתלמות ורוכשים ידע רב כיצד לעבוד עם התלמידים המתקשים בכיתה. אך נשאלת השאלה, מה יכול להניע אותם ליצור עימם קשר ולהכילם? נקודת המוצא היא שעל מנת שמורה יוכל להכיל את תלמידיו, גם הוא זקוק לקבלה ולהכלה.
איילה כהן שפירא, מנהלת ניצן באר שבע בראיון לערוץ הכנסת, מספרת על הסיוע והתמיכה שמעניקה ניצן באר שבע לילדי שדרות ששבו לבים ולילדי נירים המתגוררים בעיר.
