סניף ניצן מודיעין מציע שירותי אבחון מקיפים כולל אבחונים דידקטיים ופסיכולוגיים לכל הגילאים ובדיקת מוקסו, לצד שיעורי הוראה מתקנת ואסטרטגיות למידה. בנוסף מציע הסניף תכנית להקניית מיומנויות חברתיות לילדים ובני נוער.
אבחון דידקטי בעברית, אנגלית ומתמטיקה
אבחון פסיכו-דידקטי
אבחון למוסדות להשכלה גבוהה ולקראת מבחן פסיכומטרי (כללי, אנגלית ומתמטיקה)
הוראה מתקנת בעברית
הקניית אסטרטגיות למידה
התכנית מזמנת סיטואציות חברתיות מאתגרות מחיי היומיום של התלמידים ומסייעת להם לחוות חוויה מתקנת של קשרים חברתיים חיוביים, חיזוק תחושת המסוגלות והדימוי העצמי והאמפתיה לאחר. בזכות התכנית יפתחו התלמידים מנגנון השהייה בין רגש לתגובה, ימתנו אימפולסיביות, יפתחו גמישות מחשבתית ואסטרטגיות התמודדות יעילות.
התכנית מיועדת לתלמידי כיתות ג'-ט' ומועברת ע"י מנחים מומחים לעבודה רגשית עם ילדים, שהוכשרו באגודת ניצן. משך התכנית – 12 מפגשים שבועיים

המדריך לאימון הורים הוא מודל עבודה, המעביר את ההורה המתאמן מהשלב האינטואיטיבי לשלב שבו הוא מנתח כיצד הוא פועל באופן קוגניטיבי; נותן שם למה שהוא מרגיש וחושב ומפרק לשלבים את הדרך שהוא עובר.

ההתאמות בדרכי למידה והבחנות נקבעות על בסיס 'חוק שוויון הזדמנויות לאנשים עם מוגבלות', על מנת להבטיח את הנגישות של תלמידים עם לקויות למידה לתהליכים החינוכיים הזמינים לשאר התלמידים

איילה כהן שפירא, מנהלת ניצן באר שבע בראיון לערוץ הכנסת, מספרת על הסיוע והתמיכה שמעניקה ניצן באר שבע לילדי שדרות ששבו לבים ולילדי נירים המתגוררים בעיר.